アレキサンダーと黒崎神門の軍隊によって制圧されてしまった神戸は、戦車や兵士たちで溢れ、ものものしい雰囲気に包まれていた。そんな中、飛鳥たちは神戸の街に潜んでいると思われる規格外の怪物「オディウム」を、敵対しているはずの青葉千歳や倉敷世羅たちと探索することに。